Após derrotar as máquinas em seu combate inicial, Neo (Keanu Reeves) ainda vive na Nabuconodosor ao lado de Morpheus (Laurence Fishburne), Trinity (Carrie-Anne Moss) e Link (Harold Perrineau Jr.), o novo tripulante da nave. As máquinas estão realizando uma grande ofensiva contra Zion, onde 250 mil máquinas estão escavando rumo à cidade e podem alcançá-la em poucos dias.
