Após Jason Bourne revelar publicamente o projeto Treadstone, Eric Byer (Edward Norton) é encarregado de apagar os rastros que possam incriminar o governo dos Estados Unidos neste e em outros projetos sigilosos. Um deles chama-se Outcome, um projeto que pretende suprimir a dor e aumentar a sensibilidade, inteligência e força de seus agentes através de remédios tomados periodicamente.
