Toda a turma de Lilo Stitch decidem permanecer na Terra ao invés de aceitarem postos na Aliança Galática, a organização que defende o universo. No entanto, o maléfico Gantu deixou a Terra para libertar um cientista louco com o objetivo de criar um clone chamado "Leroy", uma criatura que ajudará Gantu na tentativa de dominar o planeta Terra.